Miyazaki Tsutomu sinh ra từ một cuộc tình loạn luân giữa bố và cô của mình.[3] Vì sinh ra trong mối quan hệ cận huyết, cộng với hậu quả của việc đẻ non nên bẩm sinh anh sở hữu đôi tay khuyết tật, trong đó khớp cổ tay bị gắn liền với khớp bàn tay, khiến cổ tay anh hoàn toàn không xoay và di chuyển được, mỗi lúc nhấc bàn tay lên hay xuống anh đều phải giơ cả cánh tay lên.[4] Do dị dạng, Miyazaki bị tẩy chay và bắt nạt từ khi mới nhập học tại trường tiểu học Itsukaichi, và do đó suốt tuổi thơ anh luôn cô lập chính mình. Ở tuổi thiếu niên, Miyazaki theo học trường Trung học Phổ thông Meidai Nakano ở Nakano, Tokyo, mau chóng trở thành ngôi sao sáng giá của trường với thành tích học tập ưu tú. Tuy nhiên càng về những năm cuối trung học, điểm số của Miyazaki ngày càng sụt giảm trầm trọng, cuối cùng anh xếp thứ 40 trên tổng số 56 học sinh trong lớp và thi trượt Đại học Meiji. Thay vì học tiếng Anh và trở thành giáo viên như dự định ban đầu, Tsutomu quyết định theo học một trường cao đẳng địa phương để trở thành kỹ thuật viên nhiếp ảnh.

Vào giữa những năm thập niên 80, Miyazaki quay trở lại nhà cha mẹ gần hiệu in ấn của cha mình, và được xếp ở chung phòng với chị gái. Mặc dù gia đình Miyazaki có ảnh hưởng lớn tại quê nhà Itsukaichi, đồng thời cha anh còn sở hữu một tòa báo nhỏ nhưng Tsutomu chưa bao giờ bày tỏ mong muốn được tiếp quản công việc của cha. Lưu ý rằng ở thời điểm bị bắt vào năm 1989, Miyazaki Tsutomu chia sẻ rằng điều bản thân mong muốn đó là được ai đó lắng nghe về những khó khăn đã luôn gặp phải trong cuộc sống, và thực sự rằng cha mẹ mình dường như quan tâm đến vật chất nhiều hơn cảm xúc và mong muốn của riêng anh. Suốt khoảng thời gian sống cùng cha mẹ, Tsutomu nhiều lần nghĩ đến việc tự tử.[5]

Trong khoảng thời gian quay trở lại sống cùng gia đình, Miyazaki bị hai chị gái ruột chối bỏ và cự tuyệt, và ông nội là nguồn động viên duy nhất dành cho anh sau những thất bại tại thành thị. Tháng 5 năm 1988, ông nội Miyazaki qua đời, chính cái chết này khiến căn bệnh trầm cảm của Tsutomu trở nặng hơn nữa và anh càng cô lập chính mình với xã hội bên ngoài. Cảm thấy quá đau lòng trước cái chết của ông, trong lúc thả tro sau tang lễ, anh đã nuốt phần tro còn lại của ông trong bình cốt, theo anh đó là cách duy nhất để giữ cho ông nội còn sống với mình. Vài tuần sau, một trong những chị gái của Miyazaki trong khi tắm đã bắt gặp anh đang cố nhìn trộm cô. Dù đã yêu cầu anh rời đi, nhưng Tsutomu không những từ chối mà lao vào tấn công cô. Cuối cùng sự việc bị cha mẹ Miyazaki phát giác. Họ yêu cầu anh dành ít thời gian chụp ảnh và quay phim lại để tập trung làm công việc gia đình, nhưng anh phản đối và tiếp tục tấn công họ.